Освен академскиот кадар, МСУ има силно разгранета административна служба. При основањето, универзитетот започна да работи со еден кампус, но подоцна ја прошири својата работа со отворање на кампусот во Битола и со воведување на нови студиски програми. Во текот на годините следеа уште три факултети. Сите овие чекори бараа нови, квалификувани вработени во административните сектори, како што се акредитираа нови факултети, така растеше и хиерархиското дрво.
Структурата на универзитетот денес е резултат на многугодишен развоен пат. Развојот беше постепен, факултет по факултет, сектор по сектор. Секоја година универзитетот инвестира во своите кампуси, постојано ги прилагодува на новите трендови и на новите промени во технологијата. Раководењето со таков комплексен систем одзема многу време, и затоа МСУ се насочува кон нови софтверски решенија, со цел подобра организација на податоците.
Хиерархијата што треба да ја следи универзитетот е претставена во Законот за високо образование на Република Северна Македонија. Таму, главните гранки на дрвото на хиерархијата се дефинирани заедно со одговорностите. Статутот на универзитетот е правилник на универзитетот. Голем дел од правилата на универзитетот се дефинирани Статутот на Универзитетот. Секоја единица на универзитетот мора да се придржува кон правилата дадени во статутот, но исто така може да се додадат и во сопствените правилници. Утврдени се и улогите на некои од вработените (на пример: ректорот, деканите), начинот на кој тие се избираат, како и формирањето комисии и други органи на универзитетот. Исто така, законот сугерира минимален број на вработени по факултет и академски квалификации што мора да ги имаат, па затоа универзитетот мора да ги почитува и овие правила. Со сите овие информации, се подразбира дека универзитетот навлегува во процес на промени (барем) кога ќе се смени Законот за високо образование и секогаш кога ќе се акредитира нов факултет или нова насока.
Дополнително, како што растеше универзитетот, растеше и потребата од нови сектори, нови вработени, нови организациски дизајни. Поради брзиот раст, универзитетот се промени многу во текот на годините. Неговата структура и хиерархија имаа многу промени. Често се отвараа нови работни места, така што дрвото на хиерархија брзо развиваше нови гранки. Брзиот развој бара многу адаптивно управување. Тешко е да се следи брзата стапка на раст, бидејќи растот на универзитетот не секогаш значи зголемување на приходите, така што раководството мораше да ги реши тие проблеми. Во исто време, иако инвестираше во нови згради и вработени, мораше да направи реогранизација и во сите сектори.
Основната структура е иста како и секој друг универзитет во Република Северна Македонија, бидејќи тоа е регулирано со закон. Професорите и асистентите имаат голема автономија во креирањето на нивните предавања, се додека се во согласност со законот, статутот, мисијата, визијата и вредностите на универзитетот.
Освен наставниот процес, универзитетот има уште неколку сектори, кои го одразуваат неговиот вистински дух. Како што е претставено во органограмот, универзитетот не ангажира други компании за маркетинг, односи со јавност, сметководство, инфо центар, информатички работи, човечки ресурси, издаваштво, итн. Идејата на менаџментот е да се вклучат што повеќе сектори во универзитетот, бидејќи тоа обезбедува флексибилност и полесно планирање. Имајќи свој вработен за сè го забрзува процесот на собирање идеи и реализација на истите, наспроти долгите процеси за ангажирање одделни компании за секој процес поединечно.
