Развојот на МСУ во изминатите години беше проследен и со постепено проширување на неговата организациска и административна структура. Отворањето на кампусот во Битола, основањето нови факултети и акредитирањето нови студиски програми создадоа потреба од дополнителен стручен кадар, нови сектори и појасно распределени надлежности.
Организациската поставеност на Универзитетот е усогласена со Законот за високото образование и со Статутот на МСУ. Со овие акти се утврдуваат надлежностите на органите и единиците, улогите и начинот на избор на раководните лица, формирањето комисии и други тела, како и кадровските и академските услови за работа. Поединечните единици можат дополнително да го уредуваат своето работење преку сопствени правилници и процедури, во согласност со општите акти на Универзитетот.
Организациската структура не е статична, туку се приспособува на развојот на Универзитетот, законските измени и потребите што произлегуваат од новите студиски програми. Поради тоа, МСУ периодично ја преиспитува распределбата на работните задачи, начинот на координација и поставеноста на административните служби. Истовремено, континуирано инвестира во своите кампуси и воведува современи софтверски решенија за поефикасно управување со податоците и административните процеси.
Покрај наставно-научните единици, во рамките на МСУ функционираат служби за маркетинг и односи со јавноста, сметководство, е-учење, е-индекс, информативна и информатичка поддршка, издавачка дејност и други области неопходни за секојдневното работење. Организирањето на овие функции во рамките на Универзитетот овозможува побрза комуникација, подобра координација и поголема флексибилност при планирањето и спроведувањето на активностите.
Наставниот кадар има академска автономија при подготовката и реализацијата на наставата, во рамките на законските одредби, акредитираните студиски програми, Статутот и утврдените мисија, визија и вредности на МСУ.
