Помимо академического персонала, MСУ  имеет разветвленную административную службу. Когда он был основан, университет начал работать с одним кампусом, но позже расширил свою работу с открытием кампуса в Битоле и введением новых учебных программ. Спустя годы последовали еще три факультета. Все эти шаги требовали новых, квалифицированных сотрудников в административных секторах, так же как новые факультеты были аккредитованы, так что иерархическое дерево выросло.

Структура вуза сегодня – результат 15-летнего пути развития. Развитие было постепенным, факультет за факультетом, сектор за сектором. Ежегодно университет инвестирует в свои кампусы, постоянно адаптируя их к новым тенденциям и новым изменениям в технологиях. Управление такой сложной системой требует много времени, поэтому MСУ сосредотачивается на новых программных решениях, чтобы лучше организовать свои данные.

Иерархия, которой должен следовать университет, представлена ​​в Законе о высшем образовании Республики Северная Македония. Там основные ветви дерева иерархии определяются вместе с обязанностями. Устав университета – это свод правил университета. Многие правила университета определены в Уставе университета. Каждое подразделение университета должно придерживаться правил, изложенных в уставе, но также может быть добавлено к своим собственным правилам. Также определяются роли некоторых сотрудников (например: ректор, деканы), порядок их избрания, а также формирование комиссий и других органов университета. Закон также предлагает минимальное количество преподавателей и академическую квалификацию, которые они должны иметь, поэтому университет должен соблюдать эти правила. Имея всю эту информацию, понятно, что университет вступает в процесс изменений (по крайней мере), когда изменяется Закон о высшем образовании и всякий раз, когда аккредитуется новый факультет или новое направление.

Кроме того, по мере роста университета увеличивалась потребность в новых отделах, новом персонале, новом организационном дизайне. Благодаря стремительному росту университет за эти годы сильно изменился. Его структура и иерархия претерпели множество изменений. Часто создавались новые рабочие места, поэтому в иерархическом дереве быстро появлялись новые ветви. Быстрое развитие требует очень гибкого управления. Наблюдать за быстрыми темпами роста сложно, потому что рост вуза не всегда означает рост доходов, поэтому руководство должно было решать эти проблемы. В то же время, хотя компания инвестировала в новые здания и персонал, ей пришлось реорганизоваться во всех секторах.

Базовая структура такая же, как и у любого другого университета в Республике Северная Македония, потому что она регулируется законом. Профессора и ассистенты имеют большую автономию в создании своих лекций, если они соответствуют закону, уставу, миссии, видению и ценностям университета. Помимо учебного процесса, в университете есть еще несколько кафедр, которые отражают его истинный дух. Как представлено в организационной структуре, университет не нанимает другие компании для маркетинга, связей с общественностью, бухгалтерии, информационные вопросы, человеческие ресурсы, публикации и т.д. Идея управления состоит в том, чтобы задействовать как можно больше факультетов университета, поскольку это обеспечивает гибкость и упрощает планирование. Наличие собственного сотрудника для всего ускоряет процесс сбора идей и их реализации, в отличие от длительных процессов найма отдельных компаний для каждого процесса индивидуально.